OXBench: A benchmark for evaluation of protein multiple sequence alignment accuracy
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Résumé
L'alignement de deux ou plusieurs séquences protéiques fournit un guide puissant pour la prédiction de la structure des protéines et l'identification des résidus fonctionnels clés, cependant l'utilité de toute prédiction dépend entièrement de l'exactitude de l'alignement. Dans cet article, nous décrivons une suite d'alignements de référence dérivés de la comparaison de structures tridimensionnelles de protéines, accompagnés de mesures d'évaluation et de logiciels permettant de comparer les alignements générés automatiquement. Nous testons la suite de référence OXBench sur des alignements générés par la méthode d'alignement multiple AMPS, puis l'appliquons pour comparer huit algorithmes d'alignement multiple différents. Le banc d'essai montre l'état de l'art actuel en matière de précision d'alignement et fournit une base de référence par rapport à laquelle de nouveaux algorithmes d'alignement peuvent être évalués.
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