OXBench: A benchmark for evaluation of protein multiple sequence alignment accuracy
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摘要
两条或多条蛋白质序列之比对，为蛋白质结构预测及关键功能残基之鉴定提供强有力之指引，然而任何预测之效用完全取决于比对之精确度。本文描述一套源自蛋白质三维结构比较之参考比对集，配以评估指标与软件，可对自动生成之比对进行基准测试。我们以 AMPS 多重比对方法生成之比对测试 OXBench 基准套件，继而将该套件应用于八种不同多重比对算法之比较。此基准展示了比对精确度之当前最先进水平，并为评判新型比对算法提供基线。